Mushkëritë përbëjnë organin më të madh në sistemin e frymëmarrjes. Sistemi respirator furnizon oksigjenin e nevojshëm nga qelizat e trupit dhe largon dioksidin e karbonit.

Ajri thithet përmes hundës dhe gojës dhe kalon poshtë rrugëve të frymëmarrjes (trake ose laring) në mushkëri, ku oksigjeni shkëmbehet me dioksidin e karbonit nga indet e trupit. Dioksidi i karbonit pastaj nxirret jashtë mushkërive dhe prej gojës apo hundës.

Mushkëritë janë të pozicionuara në zgavrën e kraharorit në krye të diafragmës. Mushkëria e majtë është pak e ndryshme nga mushkëria e djathtë: mushkëria e majtë ka 2 lobe dhe e djathta ka 3 lobe. Mushkëria e majtë është më e vogël se e djathta, sepse ajo është zhvendosur pak nga zemra e cila merr më shumë hapësirë ​​në të majtë të zgavrës së kraharorit.

Kur merrni frymë ajri në fillim kalon përmes hundës dhe ngrohet për të qenë në temperaturën e trupit. Ai gjithashtu laget dhe kalon në membranën mykotike të pjesës së brendshme të hundës.

Pastaj ajri kalon poshtë në fytin tuaj në kutinë e zërit - laringu. Nga laringu ajri kalon poshtë në trake, i cili pastaj kanalizohet në bronken e majtë dhe në të djathtën (të njohura të dyja si bronke). Epiglotis mbulon laringun kur ju gëlltisni ushqimin – për t’a parandaluar atë që të kalojë në trake dhe mushkëri.

Rrugët respiratore të mushkërive i ngjajnë strukturës së një peme të parë me kokë poshtë. Në fakt, rrugëve respiratore shpesh iu referohemi si pema bronkiale. Bronket e majta dhe të djathta janë 2 degët kryesore të kësaj peme, dhe ato furnizojnë të dyja mushkëritë respektivisht. Nga këto dy bronke kryesore dalin degëzimet e shumë bronkeve të tjera të vogla, të cilat përfundojnë në bronkiole të imta.

Bronkiolet terminale janë më pak se një milimetër të gjata. Në fund të secilës bronkiole gjenden bronkiolet respiratore. Këto janë më të ngushtat e rrugëve të frymëmarrjes dhe në fund të tyre janë disa grupime të vogla dhomëzash ajri të cilat quhen alveola. Alveolat duken si vile rrushi në fund të bronkioleve respiratore.

Është pikërisht këtu, tek alveolat ku ndodh shkëmbimi i oksigjenit dhe dioksidit të karbonit. Të gjitha alveolat janë të vëna në një rrjet shumë të imët enësh gjaku të quajtura kapilarë. Gjaku që ushqehet në këtë rrjet të imët kapilarësh çohet aty nga arteriet pulmonare dhe merret ngavenat pulmonare.

Oksigjeni nga alveolat kalon përmes një muri të hollë alveolash në kapilarët e gjakut dhe nga aty në rrjedhën e gjakut për të furnizuar indet e trupit. Dioksidi i karbonit kalon në drejtim të kundërt–nga kapilarët e gjakut në një mur të hollë brenda në alveola. Nga këto kalohet sipër në pemën bronkiale dhe jashtë mushkërive në trake dhe pastaj jashtë gojës ose hundës. Kjo është e vetmja rrethanë fiziologjike në të cilën arteriet kalojnë gjakun e de-oksigjenuar në një organ dhe venat e heqin gjakun e sapo oksigjenuar.