Omeprazoli si frenuesi i pompës protonike zvogëlon aciditetin gastrik duke bllokuar sistemin enzimatik hidrogjen-kalium adenozintrefosfatazë (“pompa protonike”), të qelizave pariatale gastrike. Në kombinim me antibiotikë është i pazavendësueshëm për çrrënjosjen e Helicobacter pylori. Omeprazoli është sidomos i efektshëm në rastet rezistente ndaj barnave tjera antisekretore. Në doza terapeutike omeprazoli e mban pH e stomakut rret 3 në kohëzgjatje 16 deri 18 orë.

Omeprazoli tolerohet mirë nga pacientët. Efektet anësore të rralla që mund të paraqiten janë: diarre, konstipacion, dhimbje abdominale, dhimbje koke, marrje mendësh, ekzantema, urtikarie dhe kruarje. Në raste të rralla janë vrejtur edhe çrregullime hematologjike, si: leukopeni, neutropeni, trombocitopeni, nefrit intersticial. Ndryshime në enzimat e mëlçisë, gjinekomasti, impotencë, stomatit.

Omeprazoli duhet përdorur para ushqimit, më mirë para ngrënies së mëngjesit. Kapsulat duhen gëlltitur me pak lëng. Ulçera duodenale: Preferohet 1 kapsulë 20 mg një herë në ditë, 2 javë. Në raste të ulçerës rezistente në barnat tjera, doza mund të rritet në 40 mg/ditë. Ulçera gastrike: Preferohet 1 kapsulë 20 mg një herë në ditë, 8 javë. Në raste të rënda doza mund të rritet në 40 mg, një herë në ditë. Refluksi gastroezofageal Preferohen 1 – 2 kapsula (20 mg – 40 mg/ditë), 4 deri 8 javë. Ulçera rrezistente Preferohen 2 kapsula omeprazol (40 mg), një herë në ditë, 4 javë. Nëse nuk arrihen përmirsime terapia vazhdohet edhe për 4 javë. Sindroma Zolinger-Elison Doza fillestare është 60 mg, një herë në ditë (3 kapsula omeprazol). Doza duhet ti përshtatet nevojave individuale, mjekimi vazhdohet derisa klinikisht është e nevojshme. Terapia mund të përdoret në vazhdimësi më tepër se 5 vite. Nëse doza ditore me omeprazol është mbi 80 mg, duhet dhënë në 2 doza të ndara. Doza më e lartë ditore nuk lejohet të jetë mbi 120 mg/ditë. Çrranjosja e Helicobacter pylori Për mjekimin e infeksioneve me H.pylori, krahas Omeprazolit, është e domosdoshme që të përdoret edhe ndonjë antibiotik, përgjithësisht terapia e treshit: - 2 herë në ditë nga 20 mg Omeprazol, - 2 herë në ditë nga 1000 mg amoksicilin, - 2 herë në ditë nga 500 mg metronidazol. Ky kombinim përdoret 7 ditë, kurse Omeprazoli vazhdohet edhe 14 ditë.